ใช้เป็นสารตั้งต้นในกระบวนการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาโครงสร้างไธโอเฟน กลุ่มอะมีนที่ได้รับการป้องกัน (Boc-protected) ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาเลือกเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์หลายขั้นตอน กลุ่มโบรมีนที่ตำแหน่ง 4 ช่วยให้สามารถทำปฏิกิริยาครอส-คัปปลิ้ง เช่น Suzuki หรือ Sonogashira เพื่อการปรับแต่งเพิ่มเติม ใช้บ่อยในการเตรียมยับยั้งคินาส สารต้านจุลชีพ และโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ โดยที่วงแหวนไธโอเฟนทำหน้าที่เป็นโครงสร้างหลัก นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเกษตรเคมีสำหรับออกแบบส่วนผสมออกฤทธิ์ใหม่ กลุ่ม tert-butyl carbamate (Boc) ให้ความเสถียรในระหว่างปฏิกิริยาและสามารถกำจัดได้ง่ายภายใต้สภาวะกรดอ่อน