ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase และยาต้านไวรัส โครงสร้างของมัน ซึ่งมีหมู่อะมิโนที่ตำแหน่ง 2 และตัวแทนไซคลโอพรอพิลที่ตำแหน่ง 4 บนวงแหวนไทโอฟีน สนับสนุนการก่อตัวของระบบเฮเทอโรไซคลิกที่สำคัญในเคมียารักษา ใช้กันทั่วไปในงานวิจัยเพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยสารเคมีเกษตรสำหรับพัฒนาส่วนผสมออกฤทธิ์ใหม่ เนื่องจากความตอบสนองและความเข้ากันได้ของหมู่ฟังก์ชัน