ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชวิทยาหลัก (APIs) ที่มุ่งเป้าไปยังโรคระบบประสาทส่วนกลางและยาต้านการอักเสบ โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถทำการปรับเปลี่ยนหน้าที่เพิ่มเติมได้ ทำให้มีคุณค่าในการสร้างสารประกอบเฮเทโรไซคลิกที่ซับซ้อน ใช้กันอย่างแพร่หลายในเคมียารักษาเพื่อการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-ฤทธิ์ (SAR) เนื่องจากมีจุดปฏิกิริยาที่ช่วยอำนวยการในการทำปฏิกิริยาคัปปลิ้ง นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านเกษตรเคมีสำหรับการออกแบบยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ๆ โดยแกนเทียโอเฟนที่มีฟลูออรีนช่วยเพิ่มการดูดซึมทางชีวภาพและความเสถียรทางเมแทบอลิซึม