เมทิล 3-อะมิโน-5-โบรโมไทโอฟีน-2-คาร์บ็อกซิเลต ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งเป็นสารตั้งต้นสำคัญในการผลิตยาและสารเคมีเกษตร โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันเพิ่มเติม ทำให้มีคุณค่าในการพัฒนาสารประกอบที่มีคุณสมบัติทางบำบัดที่เป็นไปได้ มันมักถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบเฮเตอโรไซคลิก ซึ่งมีความสำคัญในกระบวนการค้นพบยาสำหรับรักษาโรคต่างๆ นอกจากนี้ อะตอมโบรมีนยังอำนวยความสะดวกในการทำปฏิกิริยาครอสคัปปลิงก์ ทำให้สามารถสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนในเคมีทางการแพทย์ สารเคมีนี้ยังถูกนำไปใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการออกแบบวัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์ เนื่องจากโครงสร้างไทโอฟีนที่ช่วยเพิ่มคุณสมบัติการนำไฟฟ้า