Thiophen-3-ylmethanamine hydrochloride ถูกนำมาใช้หลักๆ ในด้านการวิจัยและพัฒนายาเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบชีวภาพต่างๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งสารที่มุ่งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาทและจิตเวช โครงสร้างของมันมักถูกนำเข้าไปในโมเลกุลที่ออกแบบมาเพื่อโต้ตอบกับตัวรับเฉพาะในสมอง ทำให้มีคุณค่าในการสร้างยาที่มีศักยภาพสำหรับภาวะเช่น ซึมเศร้า วิตกกังวล และโรคจิตเภท นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อพัฒนาสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิกใหม่ๆ ซึ่งถูกสำรวจเพื่อศักยภาพในการรักษาโรคอื่นๆ อีก บทบาทของมันในเคมียาเภสัชกรรมเน้นย้ำถึงความสำคัญในการส่งเสริมความพยายามค้นพบยาใหม่