ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยาต่างๆ โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตยาแก้ปวดต้านการอักเสบที่ไม่ใช่สเตียรอยด์ (NSAIDs) และยารักษาโรคเบาหวาน เป็นโครงสร้างพื้นฐานสำหรับสารประกอบเฮเทอโรไซคลิก เนื่องจากมีหมู่ฟังก์ชันอะมิโนและคาร์บอกซิลิกที่ทำปฏิกิริยาได้ง่าย ซึ่งช่วยให้สามารถปรับแต่งได้ง่ายสำหรับการพัฒนายา นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมสีย้อมและสารเคมีเกษตร โดยแกนไทโอฟีนช่วยเพิ่มความเสถียรและกิจกรรมทางชีวภาพของผลิตภัณฑ์สุดท้าย อนุพันธ์ของมันแสดงศักยภาพในงานวิจัยต้านจุลชีพและต้านมะเร็ง ทำให้มีคุณค่าในเคมีเภสัชวิทยา