ไซโคลเฮกซาไธออลใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับสารประกอบเคมีที่ซับซ้อนกว่า ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตยา โดยสามารถรวมเข้าไปในโมเลกุลยาเพื่อปรับปรุงคุณสมบัติ นอกจากนี้ ยังใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตร สนับสนุนการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช ในสาขาวิทยาศาสตร์วัสดุ ไซโคลเฮกซาไธออลถูกนำมาใช้ในการสร้างโพลิเมอร์พิเศษและสารเคลือบผิว ซึ่งกลุ่มไธออลสามารถเข้าร่วมในปฏิกิริยาการเชื่อมขวางเพื่อเพิ่มความทนทานของวัสดุ นอกจากนี้ ยังใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเป็นรีเอเจนต์สำหรับศึกษาปฏิกิริยาเคมีที่เกี่ยวข้องกับไธออลและกลไกการทำงาน