เมทิล 3-เมอร์แคปโตโพรพิโอเนตใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ต่างๆ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร กลุ่ม thiol ทำให้เป็นส่วนประกอบที่มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะ ในอุตสาหกรรมกลิ่นรสและน้ำหอม ใช้เพื่อเพิ่มโทนกำมะถันที่เป็นเอกลักษณ์ ซึ่งช่วยเพิ่มความซับซ้อนให้กับกลิ่นและรสชาติบางชนิด นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นสารเชื่อมขวางในเคมีโพลิเมอร์ สนับสนุนการพัฒนาวัสดุที่มีคุณสมบัติเชิงกลที่ดีขึ้น ความหลากหลายของมันยังขยายไปถึงการใช้ในการเตรียมสารเคมีพิเศษ ซึ่งทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์โครงสร้างที่ซับซ้อนมากขึ้น