ไอโดอะซีทามายด์ถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารอัลคิเลติงในงานวิจัยทางชีวเคมีและชีววิทยาโมเลกุล โดยนำไปใช้หลักในการดัดแปลงกรดอะมิโนไซสทีนในโปรตีน เพื่อป้องกันการเกิดพันธะดิซัลไฟด์และปกป้องหมู่ไทออลจากออกซิเดชันระหว่างการจัดลำดับโปรตีนหรือการอิเล็กโทรโฟรีซิส การดัดแปลงนี้ช่วยเพิ่มความเสถียรและความแม่นยำในการวิเคราะห์โปรตีนด้วยเทคนิคเช่น SDS-PAGE และแมสสเปกโตรเมตรี

นอกจากนี้ยังใช้ในกระบวนการโปรติโอมิกส์เพื่อยับยั้งโปรตีเอสไซสทีนอย่างถาวร ช่วยควบคุมกิจกรรมเอนไซม์ในการเตรียมตัวอย่าง เนื่องจากสามารถผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ได้ ไอโดอะซีทามายด์จึงใช้ในการศึกษาระดับเซลล์เพื่อตรวจสอบสภาพแวดล้อมเรดอกซ์หรือรบกวนกระบวนการที่ขึ้นกับหมู่ไทออล

เพิ่มเติม ยังทำหน้าที่เป็นตัวยับยั้งเอนไซม์เมแทบอลิซึมบางชนิด เช่น กลีเซอรอัลดีไฮด์-3-ฟอสเฟตดีไฮโดรเจเนส (GAPDH) ทำให้มีประโยชน์ในการศึกษาการเมแทบอลิซึมระดับเซลล์และการทำงานของเอนไซม์ อย่างไรก็ตาม เนื่องจากความตอบสนองและความเป็นพิษที่อาจเกิดขึ้น การจัดการต้องระมัดระวัง โดยเฉพาะในงานกับเซลล์ที่มีชีวิต

ในงานวิจัยด้านโปรติโอมิกส์ ไอโดอะซีทามายด์มักใช้ร่วมกับสารลดพันธะดิซัลไฟด์ เช่น DTT เพื่อควบคุมการรีดิวซ์และอัลคิเลตโปรตีนอย่างมีประสิทธิภาพ