ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาตัวยับยั้ง kinase สำหรับการรักษามะเร็ง ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในเคมียารักษาโรค เนื่องจากมีความสามารถในการสร้างสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิกที่ถูกแทนที่ซึ่งมีกิจกรรมทางชีวภาพ มักใช้ในการเตรียมยาต้านเนื้องอกและยาต้านการอักเสบ หน้าที่ของคลอรีนช่วยให้เกิดปฏิกิริยาการจับคู่ได้ง่าย เช่น Suzuki หรือ Buchwald-Hartwig ซึ่งช่วยให้สามารถ diversify อย่างรวดเร็วในโปรแกรมค้นพบยา นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยเคมีเกษตรเพื่อออกแบบสารกำจัดศัตรูพืชใหม่ที่มีประสิทธิภาพสูงขึ้น