6-Chlorothieno[3,2-c]pyridine เป็นสารเคมีที่ใช้ในงานวิจัยและพัฒนายา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ มีศักยภาพในการนำมาใช้เป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการผลิตสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางเภสัชวิทยา เช่น ยาต้านมะเร็ง ยาต้านไวรัส หรือยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาท นอกจากนี้ยังมีการศึกษาการนำไปใช้ในด้านเคมีอินทรีย์เพื่อพัฒนาวิธีการสังเคราะห์ใหม่ ๆ ที่มีประสิทธิภาพสูงขึ้น