5-Fluorothiazol-2-amine hydrochloride เป็นสารประกอบที่นำมาใช้หลักๆ ในสาขาเคมีเภสัชกรรมและการพัฒนายา โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่ออกฤทธิ์ทางชีวภาพต่างๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งพวกนั้นที่มุ่งเป้าไปยังเอนไซม์และตัวรับในงานบำบัดรักษา โครงสร้างของมันซึ่งมีวงแหวนไทอะซอลที่ถูกฟลูออรีน ทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างสารประกอบที่มีความเสถียรทางเมแทบอลิซึมเพิ่มขึ้นและความสัมพันธ์ในการจับกุมที่สูงขึ้น นักวิจัยมักนำมาใช้ในการออกแบบตัวแทนต้านไวรัส ต้านแบคทีเรีย หรือต้านมะเร็งที่มีศักยภาพ โดยอาศัยความสามารถในการปรับเปลี่ยนเส้นทางชีวภาพ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการพัฒนาสารเคมีเกษตร ซึ่งช่วยในการสร้างยาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืชใหม่ที่มีประสิทธิภาพและความเลือกสรรที่ปรับปรุงขึ้น บทบาทของมันในการสังเคราะห์อินทรีย์ยังขยายไปถึงการผลิตสารเคมีพิเศษสำหรับการวิจัยและวัตถุประสงค์ทางอุตสาหกรรม