(2-Chlorothiazol-5-yl)methanamine hydrochloride ถูกนำมาใช้เป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางหลักในการสังเคราะห์โมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพต่าง ๆ โดยเฉพาะในงานวิจัยและพัฒนายา โครงสร้างของสารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสร้างยาที่มีวงแหวนไธอะโซล ซึ่งมักถูกสำรวจเพื่อคุณสมบัติต้านจุลชีพ ต้านไวรัส และต้านการอักเสบ นอกจากนี้ยังมีบทบาทในการพัฒนาสารเคมีเกษตร เช่น ยาฆ่าแมลงและวัชอุทิศ การนำไปใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์ยังขยายไปถึงการผลิตสารเคมีเฉพาะทางที่ใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุและกระบวนการอุตสาหกรรม