Ethyl 2-amino-5-chlorothiazole-4-carboxylate ใช้หลักในฐานะสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชภัณฑ์ต่างๆ โดยมีบทบาทสำคัญในการพัฒนายาที่มีฐานไธอะโซล ซึ่งเป็นที่รู้จักจากกิจกรรมทางชีวภาพที่หลากหลาย สารประกอบนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการผลิตยาต้านจุลชีพและยาต้านการอักเสบ โดยโครงสร้างวงแหวนไธอะโซลมีส่วนช่วยเพิ่มประสิทธิภาพของยาสุดท้าย นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีศักยภาพในการประยุกต์ใช้ทาง درمانی รวมถึงยาต้านมะเร็งและยาต้านไวรัส ความหลากหลายของสารนี้ทำให้เป็นส่วนประกอบหลักในงานวิจัยเคมียารักษาและกระบวนการค้นพบยา