ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะยาลดความดันโลหิตและตัวยับยั้งตัวรับแองจิโอเตนซิน II มีบทบาทสำคัญในการสร้างพันธะคาร์บอน-เฮเทอโรอะตอม เนื่องจากความตอบสนองของหมู่คลอโรเมทิล ทำให้มีคุณค่าในการสร้างสารประกอบเฮเทอโรไซคลิก ใช้อย่างแพร่หลายในเคมียารักษาโรคสำหรับการดัดแปลงโมเลกุลชีวภาพที่ขึ้นอยู่กับไทอะซอล นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมเกษตรเคมีสำหรับการผลิตสารกำจัดเชื้อราและสารควบคุมการเจริญเติบโตของพืช รูปแบบเกลือไฮโดรคลอไรด์ช่วยเพิ่มความเสถียรและความละลายในตัวทำละลายขั้วช่วยให้ใช้งานในเส้นทางการสังเคราะห์ต่างๆ ได้สะดวก