ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านยา พบว่าสารอนุพันธ์ของเบนโซอ็อกซาไทอะซีนไดออกไซด์มีศักยภาพในการพัฒนาเป็นสารต้านการอักเสบและสารต้านจุลชีพ โครงสร้างที่มีหมู่โบรมีนทำให้สามารถทำปฏิกิริยาต่อเพื่อสร้างสารใหม่ได้ง่าย จึงนิยมใช้ในสังเคราะห์สารประกอบแบบ combinatorial เพื่อคัดเลือกสารที่มีฤทธิ์เฉพาะทางในระดับห้องปฏิบัติการ