ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่มีฐานเป็นไทอะโซล ซึ่งมีคุณสมบัติต้านจุลินทรีย์และต้านไวรัส ใช้บ่อยในการเตรียมส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) โดยกลุ่มอะมิโนเมทิลช่วยอำนวยการในปฏิกิริยาการจับคู่ในโครงสร้างคล้ายเปปไทด์ นอกจากนี้ยังใช้ในการออกแบบตัวยับยั้งคินาสและโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ เนื่องจากความสามารถในการเพิ่มความสัมพันธ์การจับกับเอนไซม์เป้าหมาย รูปแบบเกลือไฮโดรคลอไรด์ช่วยปรับปรุงความละลายและความเสถียรในสภาพแวดล้อมปฏิกิริยาน้ำ ทำให้เหมาะสำหรับใช้ในตัวทำละลายขั้วในระหว่างการสังเคราะห์ยา