2-Aminothiazole-5-carbaldehyde hydrochloride ใช้หลักๆ ในงานสังเคราะห์อินทรีย์ สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการผลิตยาต่างๆ โดยเฉพาะยาที่เล็งเป้าไปที่โรคติดเชื้อและมะเร็ง โครงสร้างของมันมีคุณค่าในการพัฒนาสารอนุพันธ์ไทอะซอล ซึ่งแสดงคุณสมบัติต้านจุลินทรีย์ ต้านการอักเสบ และต้านเนื้องอก นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบเฮเทอโรไซคลิกสำหรับวัตถุประสงค์การวิจัย ช่วยในการค้นพบโมเลกุลชีวภาพใหม่ๆ บทบาทของมันในการสร้างเบสชิฟฟ์ยังทำให้มีประโยชน์ในเคมีเชิงประสานสำหรับการศึกษาเชิงซ้อนของโลหะ