SIS3 HCl ถูกนำมาใช้ในการวิจัยทางวิทยาศาสตร์เพื่อศึกษากลไกของโรคต่างๆ โดยเฉพาะโรคที่เกี่ยวข้องกับการเจริญเติบโตและการแบ่งตัวของเซลล์ที่ไม่ปกติ เช่น มะเร็ง เนื่องจาก SIS3 HCl เป็นสารยับยั้งเฉพาะเจาะจงต่อโปรตีน Smad3 ซึ่งมีบทบาทสำคัญในเส้นทางการส่งสัญญาณ TGF-β ซึ่งเกี่ยวข้องกับการควบคุมกระบวนการต่างๆ ในเซลล์ เช่น การเจริญเติบโต การอักเสบ และการซ่อมแซมเนื้อเยื่อ นอกจากนี้ SIS3 HCl ยังถูกใช้ในการศึกษาผลกระทบของ TGF-β ต่อการเกิดพังผืดในอวัยวะต่างๆ เช่น ตับและไต ซึ่งอาจนำไปสู่การพัฒนายาใหม่ๆ สำหรับรักษาโรคที่เกี่ยวข้องกับการเกิดพังผืด ในห้องปฏิบัติการ SIS3 HCl มักถูกใช้เป็นเครื่องมือในการทดลองเพื่อทำความเข้าใจบทบาทของ Smad3 ในกระบวนการทางชีววิทยาต่างๆ และเพื่อประเมินประสิทธิภาพของสารประกอบอื่นๆ ที่อาจมีศักยภาพในการรักษาโรค