(S)-Tetrahydro-2H-pyran-3-amine hydrochloride ใช้หลักly เป็นสารประกอบ chiral building block ในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ต่าง ๆ คุณสมบัติ stereochemistry ทำให้มีคุณค่าในการพัฒนายา enantiomerically pure โดยเฉพาะในการสร้าง active pharmaceutical ingredients (APIs) ที่ chirality เฉพาะเจาะจงมีความสำคัญต่อประสิทธิภาพและความปลอดภัย

สารประกอบนี้มักใช้ในการเตรียมยาต้านไวรัสและยาปฏิชีวนะ โดยโครงสร้างของมันทำหน้าที่เป็น intermediate สำคัญ นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบที่ขัดต่อโรคระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยาต้านซึมเศร้าและยาลดความวิตกกังวล เนื่องจากความสามารถในการโต้ตอบกับเป้าหมายทางชีวภาพเฉพาะ

นอกจากนี้ (S)-Tetrahydro-2H-pyran-3-amine hydrochloride ยังนำไปใช้ใน organic synthesis เป็น reagent สำหรับ asymmetric synthesis ซึ่งช่วยในการผลิตโมเลกุลซับซ้อนที่มี enantiomeric purity สูง คุณสมบัติที่หลากหลายและ chiral ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าใน medicinal chemistry และ drug discovery