5,8-Difluoro-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline hydrochloride ถูกนำมาใช้ในการวิจัยทางเภสัชวิทยาเพื่อศึกษาคุณสมบัติในการยับยั้งเอนไซม์หรือตัวรับที่เกี่ยวข้องกับโรคทางระบบประสาท เช่น โรคพาร์กินสันหรือโรคอัลไซเมอร์ นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาเพื่อพัฒนายาต้านเศร้าหรือยาลดความวิตกกังวล เนื่องจากโครงสร้างทางเคมีของสารนี้มีความคล้ายคลึงกับสารประกอบอื่นๆ ที่มีฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง สารนี้จึงเป็นวัตถุดิบสำคัญในการสังเคราะห์และทดสอบประสิทธิภาพของยาตัวใหม่ในห้องปฏิบัติการ