6-Chloro-4-methyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline ถูกนำมาใช้หลักในการวิจัยเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพหลากหลาย โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง (CNS) รวมถึงการรักษาโรคทางระบบประสาท เช่น โรคพาร์กินสันและภาวะซึมเศร้า นอกจากนี้ ยังมีการสำรวจเพื่อใช้ในการสร้างสารที่มีคุณสมบัติแก้ปวดและต้านการอักเสบ ทำให้เป็นส่วนประกอบพื้นฐานที่หลากหลายในเคมียา นักวิจัยยังศึกษาบทบาทของมันในการออกแบบลิแกนด์สำหรับการศึกษาตัวรับ เพื่อช่วยในการทำความเข้าใจเส้นทางชีวเคมีที่ซับซ้อน