E3 ligase ligand-linker conjugates 49 ถูกนำมาใช้หลักๆ ในสาขาการทำลายโปรตีนแบบกำหนดเป้าหมาย โดยเฉพาะในการพัฒนา PROTACs (Proteolysis Targeting Chimeras) สารเชื่อมเหล่านี้มีบทบาทสำคัญในการออกแบบโมเลกุลที่สามารถทำลายโปรตีนที่ก่อให้เกิดโรคได้อย่างเลือกสรร โดยการดึงดูด E3 ubiquitin ligases มาที่โปรตีนเป้าหมาย กระบวนการนี้จะนำไปสู่การ ubiquitination และการย่อยสลายโดยโปรตีโอโซม ซึ่งเป็นกลยุทธ์การรักษาที่มีแนวโน้มสำหรับโรคต่างๆ เช่น มะเร็ง โรคทางระบบประสาทเสื่อม และโรคอื่นๆ ที่เกิดจากโปรตีนที่แสดงออกผิดปกติ ส่วนประกอบ linker ช่วยให้มั่นใจในตำแหน่งเชิงพื้นที่ที่เหมาะสมและประสิทธิภาพการจับระหว่าง E3 ligase กับโปรตีนเป้าหมาย ซึ่งช่วยเพิ่มความจำเพาะและประสิทธิผลของกระบวนการทำลาย วิธีการนี้กำลังได้รับความสนใจในวงการค้นคว้ายา เนื่องจากสามารถกำหนดเป้าหมายโปรตีนที่ถือว่า "undruggable" ตามแบบดั้งเดิมโดยตัวยา small-molecule แบบทั่วไป