ไอโซมอลโตเฮกซาโอสถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมอาหารและเครื่องดื่มในฐานะโอลิโกแซคคาไรด์ฟังก์ชันนัล มีคุณสมบัติเป็นพรีไบโอติก ช่วยส่งเสริมการเจริญเติบโตของแบคทีเรียดีในลำไส้ ซึ่งช่วยเสริมสร้างสุขภาพระบบย่อยอาหารและเพิ่มภูมิคุ้มกัน ในกระบวนการผลิตอาหารเพื่อสุขภาพ จะถูกผสมลงในอาหารเสริม เครื่องดื่มฟังก์ชันนัล และผลิตภัณฑ์นมเพื่อยกระดับคุณค่าทางโภชนาการ นอกจากนี้ ยังใช้เป็นสารให้ความหวานแคลอรี่ต่ำในผลิตภัณฑ์ปราศจากน้ำตาลหรือลดน้ำตาล ให้ความหวานอ่อนๆ โดยไม่ส่งผลกระทบต่อระดับน้ำตาลในเลือดอย่างมีนัยสำคัญ ความเสถียรภายใต้สภาวนาการแปรรูปที่หลากหลายทำให้เหมาะสำหรับใช้ในเบเกอรี่ ขนมหวาน และอาหารหมักดอง นอกเหนือจากงานด้านอาหาร ไอโซมอลโตเฮกซาโอสยังถูกสำรวจในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมสำหรับศักยภาพในการพัฒนาการบำบัดที่เกี่ยวข้องกับสุขภาพลำไส้ และเป็นส่วนผสมในผลิตภัณฑ์ดูแลช่องปากเพื่อสนับสนุนสมดุลไมโครไบโอมในช่องปาก