Hexamethyldisilathiane ใช้หลัก ๆ ในด้านการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมสารประกอบที่มีกำมะถัน ทำหน้าที่เป็นสารเคมีที่มีคุณค่าต่อการนำอะตอมกำมะถันเข้าไปในโมเลกุลอินทรีย์ ทำให้มีประโยชน์ในการสังเคราะห์ thiol, sulfide และอนุพันธ์กำมะถันอื่น ๆ นอกจากนี้ ยังนำไปประยุกต์ใช้ในการปรับแต่งพื้นผิว โดยสามารถใช้สร้างฟิล์มบางหรือสารเคลือบที่มีคุณสมบัติเฉพาะ เช่น การยึดเกาะที่ดีขึ้นหรือความต้านทานการกัดกร่อน ในด้านวิทยาศาสตร์วัสดุ ถูกนำไปใช้ในการพัฒนาโพลิเมอร์และคอมโพสิตขั้นสูง ซึ่งช่วยเพิ่มความทนทานและประสิทธิภาพของวัสดุ นอกจากนี้ ยังมีบทบาทสำคัญในกระบวนการ deposition ไอเคมี (CVD) ช่วยในการผลิตวัสดุความบริสุทธิ์สูงสำหรับการประยุกต์ทางอิเล็กทรอนิกส์และเลนส์