เมธิลเมอร์แคปแทนถูกใช้เป็นสารเติมแต่งกลิ่นในก๊าซธรรมชาติและก๊าซหุงต้ม เนื่องจากมีกลิ่นเหม็นรุนแรง ซึ่งช่วยให้ตรวจจับการรั่วไหลของก๊าซได้ง่ายและปลอดภัยยิ่งขึ้น ในอุตสาหกรรมเคมี ใช้เป็นสารตั้งต้นในการผลิตสารเคมีอื่นๆ เช่น ดิเมทิลดิซัลไฟด์ ดิเมทิลซัลฟอกไซด์ และสารกำจัดศัตรูพืชบางชนิด นอกจากนี้ยังใช้ในกระบวนการผลิตยาและสารเคมีชีวภาพบางประเภท โดยทำหน้าที่เป็นตัวทำละลายหรือตัวเร่งปฏิกิริยาในขั้นตอนเฉพาะ ในบางกรณี เมธิลเมอร์แคปแทนยังถูกศึกษาเพื่อใช้ในระบบบำบัดน้ำเสีย โดยช่วยในการควบคุมกระบวนการทางชีวภาพที่เกี่ยวข้องกับกำมะถัน