2-Pyridinesulfonyl fluoride ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะสารเคมีที่หลากหลาย โดยเฉพาะในการปรับเปลี่ยนชีวโมเลกุล มันถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในเคมีชีวภาพและเคมียารักษาโรคสำหรับการติดฉลากแบบเลือกสรรของโปรตีนและเปปไทด์ สารนี้ทำหน้าที่เป็น electrophile ที่ทำปฏิกิริยาได้ ช่วยให้สามารถนำกลุ่ม sulfonyl fluoride เข้าสู่โมเลกุลเป้าหมาย ซึ่งสามารถนำไปปรับแต่งเพิ่มเติมหรือศึกษาได้ การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการพัฒนายับยั้งแบบ covalent โดยที่มันสร้างพันธะที่มั่นคงกับกรดอะมิโน เช่น serine, threonine หรือ tyrosine ในตำแหน่งออกฤทธิ์ของเอนไซม์ คุณสมบัตินี้ทำให้มีคุณค่าต่อการค้นพบยาและการวิจัยโปรเตโอมิกส์สำหรับการระบุและวิเคราะห์ปฏิกิริยาของโปรตีน นอกจากนี้ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์โมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน โดยที่กลุ่ม sulfonyl fluoride ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในกระบวนการแปลงต่างๆ