ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยาในกลุ่มซัลฟาและสารประกอบซัลโฟนาไมด์ที่มี hoạtทางชีวภาพอื่นๆ กลุ่มซัลโฟนิลฟลูออไรด์ของมันทำปฏิกิริยากับอะมีนได้ง่าย ทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษาโรคสำหรับการสร้างพันธะซัลโฟนาไมด์ที่พบในยาต้านจุลชีพและยาต้านการอักเสบ นอกจากนี้ยังใช้ในชีวเคมีเป็นสารสำหรับติดฉลากโปรตีนและเอนไซม์ เนื่องจากปฏิกิริยาเลือกสรรของส่วนซัลโฟนิลฟลูออไรด์กับสารตกค้างในตำแหน่งออกฤทธิ์ กลุ่มเมทอกซีและอะมีนของมันช่วยให้สามารถปรับแต่งเพิ่มเติมได้ สนับสนุนการใช้ในกระบวนการสังเคราะห์ออร์แกนิกหลายขั้นตอนและการพัฒนาสารเคมีพิเศษ