ใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารกลางที่ทำปฏิกิริยาในงานสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมยา sulfa และสีย้อม เป็นส่วนประกอบหลักในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมสำหรับสังเคราะห์ยาปฏิชีวนะที่อิง sulfonamide ซึ่งแสดงกิจกรรมต้านแบคทีเรียโดยยับยั้งการเจริญเติบโตของแบคทีเรีย กลุ่มฟลูออไรด์เพิ่มความทำปฏิกิริยา ทำให้มีคุณค่าใน click chemistry และเทคนิคการติดฉลากสำหรับโปรบทางชีวเคมี นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนายับยั้งเอนไซม์เนื่องจากความสามารถในการจับแบบโคเวเลนต์กับไซต์ที่ใช้งาน ใช้ในงานวิจัยด้านชีวเคมีเป็นหลัก โดยเฉพาะในการศึกษาหน้าที่ของเอนไซม์ เนื่องจากสามารถจับกับโปรตีนเป้าหมายได้อย่างเฉพาะเจาะจงและยับยั้งการทำงานของมันได้ ทำให้เหมาะสำหรับการติดตามหรือระบุตำแหน่งของโปรตีนในเซลล์ นิยมใช้ในเทคนิคต่าง ๆ เช่น activity-based protein profiling (ABPP) เพื่อศึกษาโปรไฟล์ของโปรตีนที่มีกิจกรรมในสภาวะต่าง ๆ นอกจากนี้ยังถูกพัฒนาเป็นเครื่องมือในการค้นหายา โดยช่วยระบุเป้าหมายใหม่ ๆ ที่เกี่ยวข้องกับโรคต่าง ๆ