ใช้หลักๆ เป็นสารประกอบเคมีที่ทำปฏิกิริยาได้สูงในฐานะบล็อกสร้างสารเคมีสำหรับการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร หมู่ซัลโฟนิลฟลูออไรด์ช่วยให้สามารถติดฉลากโปรตีนแบบเลือกเพศและยับยั้งแบบโคเวเลนต์ในเคมียารักษาโรค ทำให้มีคุณค่าในการพัฒนายาโคเวเลนต์แบบกำหนดเป้าหมาย นอกจากนี้ยังใช้ในชีวเคมีสำหรับการโปรไฟล์โปรตีนแบบกิจกรรมฐาน เนื่องจากสามารถทำปฏิกิริยากับกรดอะมิโนเฉพาะในเอนไซม์ได้ การมีทั้งหมู่เอมีนและฟลูออรีนช่วยให้สามารถปรับแต่งเพิ่มเติมและปรับปรุงคุณสมบัติการจับในตัวยา นอกจากนี้ยังเป็นตัวกลางสำคัญในการเตรียมสารประกอบฐานซัลโฟนาไมด์ที่มีกิจกรรมทางชีวภาพที่เป็นไปได้