5-Methylfuran-2-sulfonyl chloride ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญสำหรับการนำกลุ่ม 5-methylfuran-2-sulfonyl เข้าสู่โมเลกุลต่าง ๆ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายา โดยช่วยในการสร้างอนุพันธ์ซัลโฟนาไมด์ ซึ่งมีคุณสมบัติต้านแบคทีเรีย นอกจากนี้ ยังมีบทบาทในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร เช่น ยาฆ่าแมลงและวัชตัวฆ่า ในด้านวิทยาศาสตร์วัสดุ ถูกนำมาใช้ในการปรับเปลี่ยนโพลิเมอร์ เพื่อเสริมคุณสมบัติสำหรับการใช้งานอุตสาหกรรมเฉพาะ ความสามารถในการทำปฏิกิริยากับอะมีนและแอลกอฮอล์ ทำให้เป็นเครื่องมือที่หลากหลายในการสร้างโครงสร้างอินทรีย์ที่ซับซ้อน