ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้งโปรติเอสและโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ หมู่ซัลโฟนิลฟลูออไรด์ทำปฏิกิริยาเลือกสรรกับนิวคลีโอไฟล์ ทำให้มีคุณค่าต่อเคมียารักษาโรคสำหรับการออกแบบตัวยับยั้งโคเวเลนต์ ยังใช้ในชีวเคมีสำหรับการติดฉลากโปรตีนและการศึกษา hoạt độngเอนไซม์ เนื่องจากสามารถปรับเปลี่ยนกรดอะมิโนเฉพาะเจาะจง นอกจากนี้ ใช้เป็นบล็อกก่อสร้างในยาฆ่าแมลงและวัสดุพิเศษที่ต้องการความเสถียรและลิโพฟิลิกซ์ที่เพิ่มขึ้น