ใช้เป็นตัวกลางในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ประเภทซัลโฟนาไมด์ ความสามารถในการทำปฏิกิริยาของมันช่วยในการนำกลุ่ม 5-เมทิลไทโอฟีนซัลโฟนิล เข้าสู่โมเลกุลขนาดใหญ่ เพิ่มความหลากหลายทางโครงสร้างในการค้นคว้ายา นิยมใช้ในการเตรียมสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าเชื้อรา เนื่องจากคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์และลิโพฟิลิกของวงแหวนไทโอฟีนที่เหมาะสม นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเป็นบล็อกสร้างในสังเคราะห์ออร์แกนิก โดยเฉพาะปฏิกิริยาคัปปลิ้งและการแปลงหมู่ฟังก์ชัน เนื่องจากหมู่ซัลโฟนิลคลอไรด์มีความสามารถในการทำปฏิกิริยากับสารที่มีหมู่อะมิโนหรือไฮดรอกซิลได้ดี จึงนิยมใช้สร้างพันธะซัลโฟนาไมด์หรือเอสเตอร์ซัลโฟเนต ซึ่งเป็นโครงสร้างสำคัญในสารออกฤทธิ์หลายชนิด