ใช้เป็นสารเคมีหลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะสำหรับการเตรียมสารประกอบเบสซูลโฟนาไมด์ สามารถทำปฏิกิริยากับแอมีนปฐมภูมิและทุติยภูมิได้อย่างง่ายดายเพื่อก่อตัวอนุพันธ์ซูลโฟนาไมด์ ซึ่งมีความสำคัญในการพัฒนายาเนื่องจากมีกิจกรรมทางชีวภาพ ใช้บ่อยในการสังเคราะห์ตัวยับยั้งโปรติเอสและโมเลกุลชีวกิจกรรมอื่นๆ นอกจากนี้ยังใช้ในการปรับเปลี่ยนเปปไทด์และโปรตีน โดยนำกลุ่มซูลโฟนิลเข้าไปเพื่อเพิ่มความเสถียรหรือเปลี่ยนแปลงคุณสมบัติการทำปฏิกิริยา กลุ่มคลอไรด์ซูลโฟนิลที่มีปฏิกิริยาสูงช่วยให้การซูลโฟนิลเลชันมีประสิทธิภาพภายใต้สภาวะอ่อนโยน ทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษาและการเชื่อมต่อทางชีวภาพ