ใช้หลักๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตรและเภสัชภัณฑ์ กลุ่มซัลโฟนิลคลอไรด์ที่ทำปฏิกิริยาได้ช่วยให้เกิดการสร้างซัลโฟนาไมด์และเอสเทอร์ซัลโฟเนต ซึ่งเป็นโครงสร้างหลักในโมเลกุลชีวภาพที่สำคัญ ใช้บ่อยในการพัฒนายาฆ่าหญ้าและยาฆ่าเชื้อรา เนื่องจากความเสถียรและไลโปฟิลิกที่เพิ่มขึ้นจากวงแหวนอะโรมาติกที่ถูกฮาโลเจนแทนที่ นอกจากนี้ยังใช้ในเคมียารักษาเพื่อสร้างตัวยับยั้งเอนไซม์และลิแกนด์รีเซพเตอร์ โดยที่สารแทนที่คลอรีนและฟลูออรีนมีอิทธิพลต่อความสัมพันธ์การจับและความต้านทานต่อการเผาผลาญ