ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพและยาตัวสมัคร หมู่ซัลโฟนิลคลอไรด์ทำปฏิกิริยาได้ง่ายกับอะมีนและแอลกอฮอล์ ทำให้มีคุณค่าในการนำหมู่เบนโซฟูแรนเข้าไปในโครงสร้างที่ใหญ่กว่า ใช้บ่อยในการเตรียมสารประกอบประเภทซัลโฟนามายด์ ซึ่งมีกิจกรรมต้านจุลชีพ ต้านการอักเสบ และยับยั้งคินาส นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านเกษตรเคมีสำหรับการออกแบบยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ เนื่องจากระบบวงแหวนอะโรมาติกและฟูแรนที่อุดมด้วยอิเล็กตรอน