2-Methoxypyridine-4-sulfonyl chloride ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมอนุพันธ์ซัลโฟนาไมด์ ซึ่งจำเป็นในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี ใช้ในการพัฒนาสารประกอบชีวภาพ รวมถึงผู้สมัครยาที่มีศักยภาพสำหรับรักษาโรคต่างๆ สารนี้ยังใช้ในการปรับเปลี่ยนเปปไทด์และโปรตีน เพื่อเพิ่มความเสถียรและกิจกรรมทางชีวภาพ นอกจากนี้ ยังใช้เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในการสังเคราะห์สีย้อมและเม็ดสี สนับสนุนความก้าวหน้าในวิทยาศาสตร์วัสดุ ความสามารถในการทำปฏิกิริยากับเอมีนและแอลกอฮอล์ทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลซับซ้อนสำหรับการวิจัยและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรม