4-Methylpiperazine-1-sulfonyl chloride hydrochloride เป็นสารเคมีที่ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์ทางเคมี โดยเฉพาะในขั้นตอนการสร้างสารประกอบอินทรีย์ที่มีความซับซ้อน มักถูกนำมาใช้เป็นรีเอเจนต์ในการทำปฏิกิริยาซัลโฟเนชัน ซึ่งช่วยในการเติมกลุ่มซัลโฟนิลเข้าไปในโมเลกุลเป้าหมาย สารนี้มีประโยชน์ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมสำหรับการผลิตยาชนิดต่าง ๆ เช่น ยาต้านมะเร็งหรือยาต้านไวรัส เนื่องจากสามารถปรับเปลี่ยนโครงสร้างโมเลกุลยาให้มีประสิทธิภาพและความเฉพาะเจาะจงมากขึ้น นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ ๆ เพื่อศึกษาคุณสมบัติทางเคมีและชีวภาพของสารประกอบที่สังเคราะห์ขึ้น