ใช้เป็นตัวทำปฏิกิริยาในสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการเติมหมู่ฟังก์ชันที่ต้องการควบคุมการตอบสนองของโมเลกุล เนื่องจากมีหมู่ tert-butoxycarbonyl (Boc) ซึ่งทำหน้าที่ป้องกันหมู่อะมิโนชั่วคราวในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ เพื่อป้องกันไม่ให้เกิดปฏิกิริยาที่ไม่ต้องการ อีกทั้งหมู่ methanesulfonate สามารถทำหน้าที่เป็น leaving group ที่ดี จึงเหมาะสำหรับการแทนที่ด้วยนิวคลีโอไฟล์ในขั้นตอนต่อไป เช่น การสร้างพันธะกับไนโตรเจนหรือออกซิเจนในสารประกอบอื่น นิยมใช้ในสังเคราะห์เปปไทด์หรือสารประกอบที่มีโครงสร้างซับซ้อนที่ต้องการความจำเพาะสูง