2,3,5,6-Tetrafluorobenzenesulfonyl chloride ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีต่างๆ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเคมีเกษตร มักใช้ในการเตรียมสารประกอบซัลโฟนาไมด์ ซึ่งมีคุณสมบัติต้านแบคทีเรียและต้านเชื้อรา นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตสารกำจัดศัตรูพืชและสารป้องกันเชื้อโรคในพืช โดยการทำปฏิกิริยากับสารประกอบอื่นๆ เพื่อสร้างโมเลกุลที่มีความเฉพาะเจาะจงและประสิทธิภาพสูง นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีที่มีฟลูออรีน ซึ่งมักให้คุณสมบัติพิเศษเช่นความเสถียรและความทนทานต่อสภาพแวดล้อมที่รุนแรง