ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านยา ซึ่งสามารถนำไปพัฒนาเป็นสารยับยั้งเอนไซม์หรือสารออกฤทธิ์ต่อระบบประสาท นิยมใช้ในขั้นตอนการสร้างโครงสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนในห้องปฏิบัติการ เนื่องจากหมู่เมท็อกซีเบนซิลทำหน้าที่เป็นหมู่ป้องกัน (protecting group) ได้ดี และสามารถถอดออกได้ง่ายในขั้นตอนต่อมา