ใช้ในสังเคราะห์สารประกอบออร์แกนิก โดยเฉพาะในการผลิตสารตั้งต้นสำหรับยาหรือสารชีวภาพ เนื่องจากหมู่ไอโซไซยาเนตมีความสามารถในการทำปฏิกิริยากับหมู่อะมีนหรือแอลกอฮอล์ได้ดี จึงนิยมใช้ในการสร้างพันธะยูเรียหรือยูรีเทนในโมเลกุล ซึ่งมีความสำคัญในงานพัฒนายา การใช้งานอีกอย่างคือเป็นตัวทำปฏิกิริยาตั้งต้นในการสร้างซัลโฟนามายด์ที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในกลุ่มสารที่มีโครงสร้างฟลูออรีนที่ช่วยเพิ่มความสามารถในการซึมผ่านของเซลล์และเสถียรภาพของโมเลกุล