ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้งโปรติเอสและโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ หมู่ซัลโฟนิลฟลูออไรด์ทำปฏิกิริยาเลือกสรรกับนิวคลีโอไฟล์ ทำให้มีคุณค่าต่อการออกแบบยาแบบโคเวเลนต์และเคมีชีวภาพสำหรับการติดฉลากโปรตีนและการศึกษา hoạt độngของเอนไซม์ นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมสารประกอบเบสซัลโฟนาไมด์ ซึ่งเป็นโครงสร้างหลักที่พบบ่อยในยาต้านจุลินทรีย์และยาต้านการอักเสบ หน้าที่คาร์บามอยล์ช่วยให้สามารถดัดแปลงเพิ่มเติม ส่งเสริมการสร้างระบบเฮเทอโรไซคลิกที่ซับซ้อนในการวิจัยเคมียารักษาโรค