ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารตั้งต้นสำหรับสารประกอบที่มีกำมะถัน หมู่ไอโซไทโอไซยาเนตทำปฏิกิริยาได้ง่ายกับอะมีนเพื่อเกิดอนุพันธ์ไทโอยูเรีย ซึ่งมีประโยชน์ในการพัฒนายาเภสัชกรรม ส่วนประกอบเมทิลไทโอและโซ่บิวทิลทำให้เหมาะสำหรับการออกแบบโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ รวมถึงสารยับยั้งเอนไซม์ที่อาจเกิดขึ้น นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมสารกลางสำหรับยาฆ่าแมลงและโพลิเมอร์ที่ได้รับการปรับแต่งเนื่องจากคุณสมบัติการทำปฏิกิริยาสองหน้าที่ การจัดการต้องระมัดระวังเนื่องจากลักษณะที่ทำให้น้ำตาไหลและระคายเคืองของหมู่ไอโซไทโอไซยาเนต