ใช้ในกระบวนการย้อมสีแบบแกรม (Gram staining) ซึ่งเป็นวิธีสำคัญในการแยกแยะแบคทีเรียออกเป็นสองกลุ่มหลัก คือ แบคทีเรียแกรมบวกและแกรมลบ โดยไอโอดีนทำหน้าที่เป็นสารตรึงสี (mordant) ช่วยให้คริสตัลไวโอเลตที่แทรกเข้าไปในผนังเซลล์ของแบคทีเรียจับตัวได้แน่นยิ่งขึ้น โดยเฉพาะในแบคทีเรียแกรมบวกที่มีผนังเซลล์หนา ทำให้สีไม่หลุดง่ายเมื่อล้างด้วยแอลกอฮอล์ จึงช่วยให้สังเกตผลภายใต้กล้องจุลทรรศน์ได้อย่างชัดเจน