แคปซูลสเตนใช้ในห้องปฏิบัติการจุลชีววิทยาเพื่อตรวจหาแบคทีเรียที่มีโครงสร้างแคปซูลรอบเซลล์ ซึ่งโดยทั่วไปจะไม่ถูกย้อมด้วยสีย้อมทั่วไป เทคนิคนี้ช่วยให้เห็นภาพของแคปซูลที่ล้อมรอบเซลล์แบคทีเรียชัดเจน โดยใช้สีย้อมที่ย้อมพื้นหลังหรือเซลล์ ในขณะที่แคปซูลจะปรากฏเป็นพื้นที่โปร่งใสหรือแสงรอบเซลล์ ทำให้สามารถระบุชนิดของแบคทีเรียที่ก่อให้เกิดโรคได้ เช่น Streptococcus pneumoniae หรือ Klebsiella pneumoniae ซึ่งมีแคปซูลเป็นปัจจัยสำคัญในการก่อโรค การย้อมแบบนี้จึงมีประโยชน์ในการวินิจฉัยและการศึกษาเชิงวิจัยเกี่ยวกับแบคทีเรีย