ใช้หลักในฮิสโตโลยีและจุลชีววิทยาสำหรับขั้นตอนการย้อมสี โดยเฉพาะในเทคนิค Ziehl-Neelsen สำหรับการย้อมแบคทีเรียทนกรด-แอลกอฮอล์ (acid-fast staining) สีย้อมฟูชซินคาร์บอเนตช่วยระบุแบคทีเรียทนกรด-แอลกอฮอล์ เช่น สปีชีส์ของ Mycobacterium ซึ่งก่อโรคเช่น วัณโรคและโรคเรื้อน สีย้อมแทรกซึมเข้าไปในผนังเซลล์ที่เคลือบขี้ผึ้งของแบคทีเรียเหล่านี้เมื่อถูกความร้อน ทำให้คงสีแดงไว้ ในขณะที่เนื้อเยื่อพื้นหลังถูกย้อมสีต้าน เช่น เมทิลีนบลู ยังใช้ในบางเทคนิคการย้อมเชื้อราเนื่องจากความชอบต่อไคตินในผนังเซลล์เชื้อรา คุณสมบัติการย้อมสีที่แรงทำให้มีประสิทธิภาพสำหรับการตรวจสอบด้วยกล้องจุลทรรศน์ของส่วนเนื้อเยื่อและสเมียร์ที่ต้องการการแยกแยะเชื้อก่อโรคอย่างชัดเจน เหมาะสำหรับตัวอย่างเสมหะและเนื้อเยื่อในห้องปฏิบัติการวินิจฉัย