5-Azaspiro[3.5]nonane ถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนซึ่งมีศักยภาพในการเป็นยารักษาโรค มีโครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ทำให้เหมาะสำหรับการพัฒนายาใหม่ๆ เช่น ยาต้านไวรัส ยาต้านมะเร็ง และสารออกฤทธิ์ทางระบบประสาท นอกจากนี้ ยังสามารถใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีอื่นๆ ในอุตสาหกรรมวิจัยและพัฒนาเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพของกระบวนการผลิตและปรับปรุงคุณสมบัติของผลิตภัณฑ์ขั้นสุดท้าย