ใช้ในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีศักยภาพต่อการพัฒนายา โดยเฉพาะในกลุ่มยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยาต้านอาการซึมเศร้า ยาคลายกังวล หรือยาต้านจิตประสาท โครงสร้างไซโคลพิเพอริดินที่ต่อกับวงแหวนอินดีนทำให้มีความเสถียรและสามารถปรับเปลี่ยนคุณสมบัติทางเคมีได้ง่าย จึงเป็นโครงสร้างที่น่าสนใจในงานออกแบบโมเลกุลของยาใหม่ๆ