ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยาเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายาสำหรับระบบประสาทส่วนกลาง (CNS) เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับสารประกอบที่มีศักยภาพในการเป็นยาแก้โรคจิต อาการซึมเศร้า หรือยาเสริมความสามารถทางความรู้ความเข้าใจ โครงสร้างวงแหวนไพเพอร์ิดีนและกลุ่ม 4-ฟลูออโรฟีโนกซีทำให้มีคุณค่าในเคมียาสำหรับการปรับความสัมพันธ์กับตัวรับและความเสถียรทางเมแทบอลิซึม ใช้กันทั่วไปในงานวิจัยเพื่อออกแบบตัวปรับตัวรับโดพามีนหรือเซโรโทนิน นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมผู้สมัครยาใหม่ในขั้นตอนการค้นพบยาเริ่มต้น หมู่ tert-butoxycarbonyl (Boc) ช่วยป้องกันไนโตรเจนในไพเพอร์ิดีนได้อย่างมีประสิทธิภาพ สามารถถอดออกได้ง่ายภายใต้สภาวะกรดอ่อนๆ โดยไม่ทำลายโครงสร้างอื่นๆ ที่ไวต่อสภาวะ ทำให้เหมาะสมกับการสังเคราะห์หลายขั้นตอนในห้องปฏิบัติการวิจัยและอุตสาหกรรมยา